La papaïne se trouve dans le latex entre l'écorce et la pulpe de la papaye et, à un moindre degré, dans les feuilles de l'arbre.
La chair de la papaye, qui en contient très peu, ne peut constituer une source alimentaire de cet enzyme.

Le pancréas produit des enzymes protéolytiques, principalement la trypsine et la chymotrypsine, qui sont essentiels à la bonne digestion des protéines.
Certains végétaux renferment des enzymes semblables, qui sont également capables de décomposer les molécules de protéines.
C'est le cas, par exemple, de la papaïne qui provient de la papaye (Carica papaya, famille des caricacées) et de la bromélaine qu'on tire de l'ananas (Ananas comosus, famille des broméliacées).
Qu'ils soient de source animale ou végétale, les enzymes protéolytiques ont en commun de participer au processus de digestion des protéines.
On extrait le latex de la papaye en pratiquant une incision peu profonde dans l'écorce du fruit encore vert.
Le liquide laiteux qui s'écoule sèche rapidement à l'air libre.
On peut alors le réduire en une poudre dont on extrait de la papaïne purifiée. Les feuilles du papayer recèlent aussi de petites quantités de ce latex.